El departamento de Física Teórica oferta dos programas de doctorado: Doctorado en Física Teórica y Doctorado en Astrofísica.
Actualmente cada uno de estos programas forman parte de un Programa Oficial de Posgrado. Ambos se rigen por el Real Decreto RD56/2005.
Actualmente algunos doctorandos realizan su tésis doctoral dentro de los Programas de Doctorado antecesores en fase de extinción (regulados por el Real Decreto RD778/1998).